virtualenvにMedpyをインストールする
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virtualenvにMedpyをインストールした際の備忘録
実行環境は
* CentOS7
* Python2.7.10 (Python2.7.10をソースからインストールする)
仮想環境作成
$ mkvirtualenv --python /opt/python2.7.10/bin/python2.7 --no-site-packages medpy
numpyのインストール
(medpy)$ pip install numpy Successfully installed numpy-1.10.1
scipyのインストール
gcc,必要なライブラリのインストール
$ sudo dnf -y install gcc-g++ $ sudo dnf -y install atlas-devel lapack-devel blas-devel
scipyをインストール
(medpy)$ pip install scipy Successfully installed scipy-0.16.1
nibabelのインストール
MedPyで
- NifTi - Neuroimaging Informatics Technology Initiative (.nii, nii.gz)
- Analyze (plain, SPM99, SPM2) (.hdr/.img, .img.gz)
などを読み込むのに必要
(medpy)$ pip install nibabel Successfully installed nibabel-2.0.2
pydicomのインストール
MedPyでDicomを読み込むのに必要
(medpy)$ pip install pydicom Successfully installed pydicom-0.9.9
ITKのインストール
MedPyで
- NifTi - Neuroimaging Informatics Technology Initiative (.nii, nii.gz)
- Analyze (plain, SPM99, SPM2) (.hdr/.img, .img.gz)
- Dicom - Digital Imaging and Communications in Medicine (.dcm, .dicom)
- Itk/Vtk MetaImage (.mhd, .mha/.raw)
- Nrrd - Nearly Raw Raster Data (.nhdr, .nrrd)
などを読み込むのに必要
CentOS7へのリポジトリの追加方法まとめを参考にEPELを追加し,インストールする
$ sudo yum --enablerepo=epel -y install itk-devel
MedPyのインストール
(medpy)$ pip install medpy Successfully installed medpy-0.2.2