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プログラミングとかLinuxとかの備忘録

プログラミング、Linuxでハマった箇所や環境構築のメモ

virtualenvにMedpyをインストールする

Programming Python CentOS

virtualenvにMedpyをインストールした際の備忘録
実行環境は
* CentOS7
* Python2.7.10 (Python2.7.10をソースからインストールする)

仮想環境作成

$ mkvirtualenv --python /opt/python2.7.10/bin/python2.7 --no-site-packages medpy

numpyのインストール

(medpy)$ pip install numpy
Successfully installed numpy-1.10.1

scipyのインストール

gcc,必要なライブラリのインストール

$ sudo dnf -y install gcc-g++
$ sudo dnf -y install atlas-devel lapack-devel blas-devel

scipyをインストール

(medpy)$ pip install scipy
Successfully installed scipy-0.16.1

nibabelのインストール

MedPyで

  • NifTi - Neuroimaging Informatics Technology Initiative (.nii, nii.gz)
  • Analyze (plain, SPM99, SPM2) (.hdr/.img, .img.gz)

などを読み込むのに必要

(medpy)$ pip install nibabel
Successfully installed nibabel-2.0.2

pydicomのインストール

MedPyでDicomを読み込むのに必要

(medpy)$ pip install pydicom
Successfully installed pydicom-0.9.9

ITKのインストール

MedPyで

  • NifTi - Neuroimaging Informatics Technology Initiative (.nii, nii.gz)
  • Analyze (plain, SPM99, SPM2) (.hdr/.img, .img.gz)
  • Dicom - Digital Imaging and Communications in Medicine (.dcm, .dicom)
  • Itk/Vtk MetaImage (.mhd, .mha/.raw)
  • Nrrd - Nearly Raw Raster Data (.nhdr, .nrrd)

などを読み込むのに必要

CentOS7へのリポジトリの追加方法まとめを参考にEPELを追加し,インストールする

$ sudo yum --enablerepo=epel -y install itk-devel

MedPyのインストール

(medpy)$ pip install medpy
Successfully installed medpy-0.2.2